1er

1840-1841

DELACROIX (Émile)

Professeur à l’école de médecine, président de la SéD en 1871

2e

1841-1853

BRUAND (Théophile)

Entomologiste, président de la SéD en 1854

3e

1854-1864

BAVOUX (Vital)

Naturaliste

4e

1865-1878

CASTAN (Auguste)

Conservateur de la Bibliothèque municipale de Besançon

Proclamé président d’honneur de la SéD par acclamation lors de la séance du 17 décembre 1890

5e

1879-1893

BESSON (Edouard)

Substitut

6e

1893-1897

SAYOUS (Edouard)

Professeur d’Histoire de l'Antiquité et du Moyen-Âge à la Faculté des lettres de Besançon

7e

1897-1902

MEYNIER (Jules)

Docteur en médecine

8e

1902-1904

GAUTHIER (Jules)

Archiviste paléographe, archiviste du département du Doubs, président de la SéD en 1899

9e

1905-1914

GAZIER (Georges)

Conservateur de la bibliothèque municipale de Besançon

10e

1914-1919

EUVRARD (Edmond)

Directeur honoraire de l’école normale

11e

1919-1941

GAZIER (Georges)

12e

1941-1949

PIQUARD (Maurice)

Conservateur de la bibliothèque municipale de Besançon

13e

1950-1958

DESCHAMPS (Gustave) 

Directeur honoraire de l’Hospice départemental

14e

1958-1992

MARLIN (Roger)

Professeur au lycée Victor-Hugo

15e

1992-2001

GRESSET (Maurice)

Professeur d’Histoire moderne de la Faculté des lettres de Besançon, président de la SéD en 1976-77

16e

2002-

FERRER (André)

Maître de conférences en Histoire moderne à la Faculté des lettres de Besançon

Proclamé président d’honneur de la SéD par acclamation lors de l’Assemblée générale du 9 septembre 2021.